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Joint Loop End Modeling Improves Covariance Model Based Non-coding RNA Gene Search [联合循环末端模型改进基于协方差模型的非编码rna基因搜索 ]
  Jennifer A. Smith(博伊斯州立大学 ) 研究了非编码RNA发夹结构中茎和环之间界面的更详细建模对基于协方差模型的非编码RNA基因搜索功效的影响。目前，界面处的两个茎核苷酸和两个环末端核苷酸的先验概...
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Optimization Algorithms for Identification and Genotyping of Copy Number Polymorphisms in Human Populations[人群拷贝数多态性识别与基因分型的优化算法 ]
  Matthew Ruffalo(凯斯西储大学 ) 最近的研究表明，拷贝数多态性（CNPs），定义为基因组片段，其在基因组拷贝数方面是多态的并且在群体中以大于1％的频率分离，与各种疾病相关。由于罕见的拷贝数...
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SIMCOMP: A Hybrid Soft Clustering of Metagenome Reads[simcomp：元基因组读取的混合软聚类 ]
  Shruthi Prabhakara(宾夕法尼亚州立大学) 宏基因组学面临的一个主要挑战是开发用于表征大量短宏基因组读数的功能和分类学内容的工具。在本文中，我们提出了一种双通道半监督算法SimComp，用于短宏基因组...
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Measuring the Quality of Shifting and Scaling Patterns in Biclusters[测量双色团簇中移动和缩放图案的质量 ]
  Beatriz Pontes Balanza(塞维利亚大学 ) 在这项工作中，我们通过进化计算解决基因表达数据的双聚类，已经证明它在复杂问题上具有优异的性能。在表达数据分析中，最重要的目标可能不是找到最大的双聚类，...
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Gaussian Processes and Gene Regulation [高斯过程与基因调控 ]
  Neil D. Lawrence(谢菲尔德大学) 计算生物学模型通常缺少信息，例如感兴趣的生物化学物质的浓度。处理这种缺失信息的一种方法是在遗漏数据上放置概率先验。这种先验的一种可能选择是高斯过程。在...
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MC4: A Tempering Algorithm for Large-sample Network Inference[mc4：一种大样本网络推理的回火算法 ]
  Daniel James Barker(华威大学 ) 贝叶斯网络及其变体广泛用于建模基因调控和蛋白质信号传导网络。在许多设置中，底层网络结构本身是推理的对象。在贝叶斯框架内，关于网络结构的推论是通过图上的...
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Mutual Spectral Clustering: Microarray Experiments Versus Text Corpus[互谱聚类：微阵列实验与文本语料库 ]
  Kristiaan Pelckmans(瑞典乌普萨拉大学) 这项工作研究了一种机器学习技术，旨在探索微阵列实验数据与PubMed提供的基因相关文献的关系。发现该任务的使用是因为它通过将两个信息源融合在一起来提供更好的...
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The Challenge of Predicting Gene Function[预测基因功能的挑战 ]
  Ross D. King(曼彻斯特大学 ) 生物科学正在经历可用数据量的爆炸式增长。需要新的数据分析方法来处理数据。生物信息学的一个核心问题是将功能分配给测序的开放阅读框（ORF）。最常见的方法基...
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Game theoretic models in molecular biology[分子生物学中的博弈论模型]
  Tommi Jaakkola(麻省理工学院) 生物过程的计算建模存在许多挑战。信令路径等过程很少依赖于其他过程，而是涉及大量协调和共享资源。适合于理解不同过程的抽象水平，例如，将路径视为过滤器或分...
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Mixture models on graphs[图表混合模型 ]
  Guido Sanguinetti(谢菲尔德大学) 分析“组学数据集”的最基本挑战之一是将相关数量（基因转录本，蛋白质水平等）聚类成不同的组。在比较从两种不同条件获得的数据时，最简单的情况之一发生，其中...
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Bayesian Inference of transcription factor activity - an application to the fission yeast cell cycle[转录因子活性的贝叶斯推断——在分裂酵母细胞周期中的应用 ]
  Simon Rogers(格拉斯哥大学) 当建模遗传调节相互作用时，通常认为转录因子的mRNA表达是该转录因子的调节活性的可靠代理。由于转录因子蛋白的转录后和翻译修饰，存在许多这样的假设不成立的例...
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Least squares estimation of a transcription regulation model [转录调控模型的最小二乘估计 ]
  Mahesan Niranjan(谢菲尔德大学) 转录因子调节其靶基因活性的方式非常令人感兴趣。一些作者最近使用基于模型的计算方法从高通量基因表达数据中推断出转录因子蛋白的浓度（[1 3,6 7]。在这里，我...
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Learning gene regulatory networks in Arabidopsis Thaliana[拟南芥学习基因调控网络的研究 ]
  Chris Needham(利兹大学) 基因调控网络控制着所有生物体中细胞的功能发育和生物过程。基因作为复杂系统的一部分相互调节，其中获得理解至关重要。例如，在人类中发现完整的基因调控网络将...
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Conservation Laws and Identifiability of Models for Cellular Metabolism[细胞代谢模型的守恒定律与可辨识性 ]
  Bernt Wennberg(查尔姆斯理工大学) 生物科学中的新实验技术为我们提供了高质量的数据，允许进行定量数学建模。在将模型参数拟合到实验数据时，重要的是要知道是否可以从可用数据中唯一地估计所有参...
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Benchmarking parameter estimation and reverse engineering strategies[标杆参数估计与逆向工程策略]
  Pedro Mendes(弗吉尼亚理工大学) 参数估计已成为系统生物学中的核心问题，无论是自下而上模型的校准还是反向工程算法的组成部分。随着为这些目的提出的算法的激增，以客观方式比较它们变得很重要...
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